中合联股东会由31位股东单位组成；董事会代表股东的利益，对最高层管理人员决策的争论做出裁决，成员包括5人；监事会对公司业务活动及会计事务等进行监督，成员包括7人。
董事会下设总经理，对董事会负责，总经理下设副总经理2人。
公司下设六个部门。
办公室：负责公司日常行政事务；负责起草行政议事规则、工作计划、工作总结、会议纪要等综合性文件；负责文件收发、打印及印信管理工作；负责各类档案的收集、整理、保管、保密工作；负责对外宣传及公司网站建设维护；负责公司党、团、工会建设及日常组织工作。
人力资源部：负责职工招聘、录用、离职、考核、教育、培训及人员编制、工资、保险、档案、证件管理工作。
资金财务部：负责公司日常财务管理和会计核算工作；牵头编制财务预算、财务决算、利润分配方案；负责处理公司涉税、统计工作事宜；负责公司资金运作，对公司资金使用状况提出意见和建议；负责公司自身的融资工作，为落实经营计划、投资计划提供资金保证；负责对经济合同和投资方案进行财务审查；负责对公司投资项目事前、事中、事后、退出、转让等事项进行稽核、评价、监督；负责对控股公司进行审计、监督；负责对控股公司的经营业绩及经营班子进行考核；负责监督、控制担保业务及投资项目实施中的财务风险。
担保事业部：负责与银行联系，配合银行对公司资信进行评级；负责担保业务的市场拓展，与客户的沟通与联系；负责担保业务受理，客户资信调查、资产评估，对担保项目进行价值分析、尽职调查；负责落实反担保措施，落实抵、质押物；负责向评审委员会提交调查报告并出具意见；负责对担保业务履行全程跟踪服务、监督反馈，及时提呈担保对象的运营情况报告，严格监控。
综合事业部：负责同供销系统捏开展金融及准金融业务的公司或机构进行联系及业务交流；对公司拟定的小额贷款公司进行可行性研究；负责小额贷款公司的开业筹备、制度设计、运营管理、日常监督；根据公司发展战略，通过资产重组的方式搭建供销系统的小额贷款公司网络，最终实现设立小额贷款控股公司。
风险管理部：研究并制定风险管理体系规划、政策与程序并组织实施；负责企业整体风险监控，指导、监督各部门及控股子公司开展全面风险管理工作；负责业务流程中重点环节的风险控制，参与公司业务的实际操作流程；负责定期风险汇总及报告制度；负责公司日常法律文件、制度等的审核工作，协助和督促公司相关部门履行重大经济合同、协议；参与经营决策、为公司的经营管理活动提供可行性、合法性、合规性分析和法律风险分析。
投资研发部：负责研究制定公司发展战略；负责公司投资研究工作，开发符合公司自身特点的创新金融产品及服务；负责收集项目信息，对项目设计的行业、政策、市场环境等详细分析，提出科研性方案；制定投资业务、创新金融产品及服务的实施方案；负责对投资项目运行情况进行统计、监测、分析和预测，对运行状况作出综合评价。